Integrated Genome Browser
| Версия |
9 |
| Платформаs | |
| Лицензия | Open Source |
| Категория | Scientific |
| More
Info
(посетить веб-сайт издателя)
|
Обзор программного обеспечения
Основные функции
- Поддерживает различные форматы генома, такие как GenBank и FASTA
- Взаимодействие с данными с анимацией масштабирования и панорамирования
- Доступ и загрузка геномов с сайтов QuickLoad
- Преобразование данных в различные формы графа
- Обмен данными с сотрудниками через Dropbox
- Установка плагинов для дополнительных функций
Integrated Genome Browser (IGB) - это программа с открытым исходным кодом, используемая для просмотра и изучения больших геномных наборов данных. Вы можете просматривать различные форматы данных, взаимодействовать с вашими данными, создавать графики, сохранять информацию в виде изображений и делиться своими данными с сотрудниками.
IGB позволяет просматривать данные из аннотаций и выровненных последовательностей. Программа поддерживает различные форматы, такие как FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband и GenBank. Вы можете принимать данные и преобразовывать их в различные формы графа, включая графики несоответствий, для выделения различий данных и диаграмм глубины для отображения охвата. Вы также можете взаимодействовать с вашими данными с помощью масштабирования и панорамирования анимации IGB.
IGB позволяет вам получать и загружать геномы с сайтов QuickLoad, которые представляют собой простые системы каталогов, последовательностей и других файлов данных для визуализации. IGB обеспечивает расширенную функциональность с поддержкой плагина, чтобы добавить функциональность и автоматизацию рабочих процессов с помощью скриптов. IGB также предоставляет вам расширенные функции для обмена вашими данными, независимо от того, публиковать ли это его как изображение JPEG, PNG или SVG высокого качества или хранить данные в Dropbox, чтобы дать вашим соавторам доступ к вашему проекту.
IGB прежде всего, используются университетскими исследователями, биологами и биоинформатиками. Он предоставляет расширенные инструменты для открытия различных форматов данных генома, визуализации данных в виде разных графиков и обмена данными с сотрудниками. К сожалению, программа опирается на гранты на продолжение развития, а это означает, что поддержка приложения может прекратиться в любое время. Тем не менее, Integrated Genome Browser по-прежнему является способной, настраиваемой программой для пользователей, которые хотят исследовать и анализировать свои данные генома.
Обновлено: 29 июня 2016 г.
▶ Первичное расширение файла
▶ Другие расширения файлов, используемые Integrated Genome Browser 9
| Поддерживаемые типы файлов | |
|---|---|
| .BED | UCSC BED Annotation Track File |
| .DAS | DeltaMaster Analysis Session |
| .GB | GenBank Data File |
| .FAS | FASTA Sequence File |
| .FASTA | FASTA Sequence File |
| .FA | FASTA Formatted Sequence File |
| .USEQ | USeq Genome Data File |
| .SGR | SGR Genome Data File |
| Дополнительные связанные форматы файлов |
|---|